臨床治療胃幽門螺旋桿菌的方式多採用三重療法(Triple Therapy)，主要係合併兩種抗生素及一種質子孔道抑制劑(Proton-Pump Inhibitor)進行治療。舉例說明之，目前台灣地區成功大學附設醫院對於幽門螺旋桿菌所引發消化道疾病係採用抗生素安默西林(Amoxicillin)、克那每欣(Clarithromycin)，搭配制酸劑奧美拉唑(Omeprazol)之組合進行治療，然而該三重療法治療胃幽門螺旋桿菌之成功率僅為80-95%，且多數患者仍無法免除併發消化性潰瘍的危機。主要以抗生素為主，服用後會影響患者正常腸內菌株的分佈，導致腹痛、腹瀉或脹氣等副作用產生，長期下來，逐漸培養幽門桿菌的抗藥性菌株，造成頑固性幽門桿菌感染，使得很難將幽門桿菌完全根治，並有再度復發的情形，細菌抗藥性問題，以及治療所延伸之副作用，使得抗生素療法仍有很大改善空間。近年來陸續有利用益生菌治療幽門螺旋桿菌感染的相關報導能降低幽門桿菌數及其所造成的發炎反應，提高抗生素療法治癒率的效果，包含L. acidophilus（La-5）、 L.johnsonii (La1) E. feacium /TM39 、B. lactis(統一AB優酪乳)、L. paracasei /LCA506 (味全)、L. gasseri /LG21(日本明治)、L. gasseri、L. rhamnosus (衛達)。
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