乳酸菌抑制胃幽门螺旋杆菌生长的机制目前尚未完全明了，可能是透过细菌分泌的酸性代谢产物，或分泌抗菌蛋白来抑制胃幽门杆菌的生长；此外，也有人认为抑菌成分是来自细菌菌体内的蛋白质成分。临床试验中也发现乳酸菌有效提升胃幽门杆菌的清除率，也可以降低三重疗法所引起的副作用。

这显示无论是单纯使用乳酸菌，或是合并三重疗法与乳酸菌，都能有效提升胃幽门杆菌的治疗成效，故乳酸菌将是抑制胃幽门杆菌的一大利器。或者另一说词：
(1)竞争营养源及吸附定殖位置，以防止致病菌感染，并减少有害物质及致癌物的吸附。
(2)抑菌代谢物的产生，如有机酸（低pH值）、过氧化氢、抑菌素及去结合性胆酸。
(3)刺激免疫系统，增加抗体或巨噬细胞等活性。

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